体にはいくつもの経穴（ツボ）があります。体のツボの数をWHOでは341としており、そのひとつひとつに名前がついています。しかし実際にはそれ以上あり、その数600とも700とも言われています。
鍼治療はそのツボや筋肉を鍼で刺激します。基本的には体のどこのツボや筋肉にでも鍼を挿せますが、鍼治療の禁忌事項として新生児の大泉門、外生殖器、臍部、眼球、鼓膜、肺、心臓、腎臓、腹膜、大動脈、腹膜への鍼治療は行えません。また、脊髄・延髄といった中枢神経に鍼を刺すときには十分な配慮が必要です。
鍼治療では、筋肉や筋など痛みを感じる部位に直接鍼をさす場合があります。そうすると鍼の刺激で血流が良くなり血行が良くなるので、痛みや張りが軽減されます。逆に痛みのある部分に直接鍼を刺すと刺激が強すぎて、痛みが増す場合があります。その場合は経絡を通じてツボに鍼を刺すことになります。症状によって鍼を打つ部位や方法が変わるのが鍼治療の特徴でもあります。